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Système du Québécium

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Analyse des tableaux d'anticodons dans la pseudo strate 3.

Remarques générales. Dans les figures 156 à 171, la pseudo strate démontre son utilité pour présenter de façon ordonnée les anticodons de tous les tableaux accessibles, qui appartiennent à 5 codes biomoléculaires : cb nomal, cb2, cb4, cb5 et cb12. Les 48 cases de la grille suffisent pour les loger, y compris les doubles emplois. Voyez les figures 124 et 155, les classes O et E d'anticodons.

Classe O. Le plus souvent, remplissage exact des 16 cases du bloc central, parfois, il reste des cases vides. Dans l'un des tableaux, 3 doubles emplois de cette classe occupent en outre 3 cases supplémentaires (H. sapiens).

Classe E. Le nombre de cases employées est fortement variable et va de 6 à 32

Des symétries EO plus ou moins parfaites se manifestent dans la pseudo strate 3, quant à l'occupation des cases et aux multiplicités qui y apparaissent. Voyez par exemple E. coli (Lecomte) et U. urealyticum (figures 156 et 163). Les mitochondries des mammifères et de Limulus se signalent par leur économie d'anticodons : 22 seulement, dont 6 hors bloc central; en retour, chacun de ces anticodons reconnaît en moyenne un nombre relativment élevé de codons.

Statistiques. Voici un relevé des nombres d'anticodons dans la pseudo strate 3, en référence aux figures 156 à 171. Tableau 43. Les nombres d'anticodons inscrits vont de 22 à 48, moyenne 34,4, si l'on excepte les doubles emplois et de 22 à 48, moyenne 35,8, si l'on inclut les doubles emplois.

.......................................Tableau 43

...........................Nombre d'anticodons.

....................Anticodons dans la pseudo strate 3

Source.....Antic. tot =.Classe O.+Classe E.....D. empl......cb

Lim.mito St....22................16................6..............0......cb5

Mmit Ssbg**...22...............16.................6..............0......cb2

Mc uab............28...............10...............18..............1......cb4

A.t.plast. T....29................16...............13..............1......cbnormal

U.u. uab..........30...............10...............20..............0......cb4

A.t.mito. T..... 31...............16...............15..............4......cbnormal

Maloy............32...............16...............16..............0......cbnormal

Mp Mg uab*....32...............12...............20..............1......cb4

E. coli Lec.......36..............16................20.............0.....cbnormal

A.t.cyto. T......37...............16...............21.............8......cbnormal

S.cer. Mun.......38...............16...............22.............2.....cbnormal

C. albic...........39...............15...............24.............0.....cb12

E.coli uab........40...............16...............24.............1......cbnormal

Euc. Lec...........45...............16...............29.............0.....cbnormal

H.sap. Nat.....45...............16...............29.............3.....cbnormal

C. ele. L..........45...............16...............29.............1.....cbnormal

Somme et moyenne doubles emplois............. ....22/16 = 1,4

Sommes et moyennes sans les doubles emplois

................................239/16 = 14,9

..............551/16 = 34,4.....................312/16 = 19,5

Ycompris les doubles emploi

.............573/16 = 35,8

*2 espèces

** 31 espèces. Tableau 44. 31 espèces de mammifères, dont l'être humain, le rhinocéros et le rorqual bleu Balaenoptera musculus, le plus gros animal connu. http://lesbaleines.net/rorqualbleu.htm

Tableau 44

31 espèces de mammifères

http://mamit-trna.u-strasbg.fr/Sequences.html

Homo sapiens...............Gorilla gorilla

Pan paniscus...............Pan troglodytes

Pongo pygmaeus...............Hylobates lar

Papio hamadryas...............Equus caballus

Equus asinus...............Rhinoceros unicornis

Ceratotherium simum...............Bos taurus

Ovis aries...............Sus scrofa

Balaenoptera musculus ...............Balaenoptera physalus

Hippopotamus amphibius...............Mus musculus

Rattus norvegicus...............Myoxus glis

Oryctolagus cuniculus...............Felis catus

Halichoerus grypus...............Phoca vitulina

Canis familiaris...............Artibeus jamaicensis

Erinaceus europeus...............Dasypus novemcinctus

Didelphis virginiana...............Macropus robustus

Ornithorhyncus anatinus

Escherichia coli. pStrate 3 modèle?

Les anticodons d'Escherichia coli sont au nombre de 36 dans le tableau de Lecomte. Ils entrent exactement dans une strate 3 de 36 cases, et c'est le seul cas d'une strate 3 de 36 cases. (Figures 139, 156). Le total de 36 se répète pour Neisseria meningitis MC58 (TIGR), Chlamydia pneumoniae J138 (Japon), Chlamydia pneumoniae AR39 (TIGR), Chlamydia pneumoniae CML029 (UCB) dans le tableau des anticodons ci-dessous. Tableau 45.

D'après les données disponibles, la strate 3 avec ses 36 cases ordonnées ne constitue évidemment pas une exigence pour les anticodons. Elle paraît cependant représenter une sorte de modèle réalisé approximativement et en moyenne. Voici la liste ordonnée des 16 nombres d'anticodons O et E du Tableau 43. Moyenne 34,4, médiane 34.

22, 22, 28, 29; 30, 31, 32, 32; 36, 37, 38, 39; 40, 45, 45, 45

La diversité de ces nombres semble être une règle. Leur distribution n'évoque nullement une courbe de Gauss mais suggère plutôt une bimodalité avec rassemblement aux valeurs extrêmes 45 et 22. La valeur 22 pourrait apparaître 32 fois au lieu de 2, si l'on comptait chacune des espèces du Tableau 44, formant une distribution aiguille à 22 anticodons.

Analyse génomique.

Nous utilisons les listes d'anticodons de Todd Lowe. Ses listes ne donnent cependant pas les codons reconnus par les anticodons. Par suite, ses résultats ne se prêtent pas commodément à l'inscription dans la grille de la strate 4 et de la pseudo strate 3. Il se prêtent toutefois au dénombrement des anticodons, ce qui est fait ci-dessous. Tableau 45.

Tableau 45

Nombre d"anticodons.

Tableau des anticodons génomiques

http://rna.wustl.edu/GtRDB/

D'après TD. Mise en ordre numérique.

Acides aminés normaux (+ présence de Sélénocystéine)

Bactéries ..............................

Chlamydia trachomatis MoPn (TIGR)............... 26

Ureaplasma urealyticum............... 27+

Staphylococcus aureus N315............... 28

Borrelia burgdorferi............... 29

Buchnera sp................ 29

Rickettsia prowazekii ............... 30

Bacillus halodurans............... 31

Pasteurella multocida............... 31+

Haemophilus influenzae Rd............... 32+

Campylobacter jejuni............... 32+

Vibrio cholerae............... 32

Mycoplasma genitalium ............... 33+

Mycoplasma pneumoniae..... ............... 33+

Helicobacter pylori 26695 (TIGR)............... 33

Helicobacter pylori J99 (Astra)............... 33

Bacillus subtilis............... 33

Chlamydia trachomatis D/UW-3/Cx (UCB)............... 34

Neisseria meningitidis Z2491 (Sanger)............... 34

Chlamydia pneumoniae CWL029 (UCB)............... 36

Chlamydia pneumoniae AR39 (TIGR)............... 36

Chlamydia pneumoniae J138 (Japan)............... 36

Neisseria meningitidis MC58 (TIGR)............... 36

Pseudomonas aeruginosa............... 38+

Synechocystis sp................ 39

Escherichia coli K-12............... 39+

Aquifex aeolicus............... 39+

Escherichia coli O157:H7 EDL933 (Wisconsin)............... 40+

Escherichia coli O157:H7 RIMD 0509952 (Osaka)............... 40+

Caulobacter crescentus............... 41

Deinococcus radiodurans............... 42

Mycobacterium tuberculosis............... 43

Treponema pallidum............... 43

Xylella fastidiosa............... 43

Mycobacterium leprae............... 43

Thermotoga maritima............... 44

Somme et meyenne 1238/35 = 35,4

 

Archaea ..............................

Methanococcus maripaludis............... 31+

Methanococcus jannaschii............... 32+

Methanobacterium thermoautotrophicum............... 34

Thermoplasma acidophilum............... 43

Thermoplasma volcanum............... 43

Aeropyrum pernix............... 43

Sulfolobus solfataricus............... 43

Sulfolobus tokodaii............... 43

Archaeoglobus fulgidus............... 44

Pyrococcus horikoshii............... 44

Pyrococcus furiosus ............... 44

Pyrococcus abyssi............... 44

Halobacterium sp................ 44

Pyrobaculum aerophilum............... 44

Methanosarcina mazei...............44

Somme et moyenne 520/15 = 41,3

Eucaryotes ..............................

Saccharomyces cerevisiae............... 41

Drosophila melanogaster............... 43+

Schizosaccharomyces pombe............... 45

Caenorhabditis elegans............... 46+

Homo sapiens............... 48+

Arabidopsis thaliana............... 48

Somme et moyenne 271/6 = 45,2

Somme et moyenne globales 2129/56 = 38,0

Les résultats des dénombrements sont montrés au Tableau 46 et à la Figure 172. Les Eucaryotes ont le plus grand nombre moyen d'anticodons (45,2), puis viennent dans l'ordre les Archaea (41,3) et les Bactéries (35,4). La pseudo strate 3 présente un nombre inférieur (34,4), qui tient surtout à l'inclusion des anticodons mitochondriaux qui sont au nombre de 22 pour les mammifères et pour un invertébré.

Tableau 46.

Nombre d"anticodons.

Sommaire des Tableaux 43 et 45.

Anticodons dans la pseudo strate 3...............

Somme et moyenne 551/16 = 34,4

Bactéries TD...................................

Somme et moyenne 1238/35 = 35,4

Archaea TD...................................

Somme et moyenne 520/15 = 41,3

Eucaryotes TD...................................

Somme et moyenne 271/6 = 45,2

Les 4 séries...................................

Somme et moyenne globales 2680/72 = 37,2

Moyenne des valeurs extrêmes (22+48)/2 = 35

Médiane 38

Fig. 172. Vue d'ensemble selon 72 tableaux d'anticodons d'après le Tableau 46.

Conclusion.

À suivre. Les anticodons sont des triplets qui n'existent pas isolés ni rangés à la queue leu leu comme les triplets des codons dans la chaîne de l'ARNm. Ils n'ont d'existence que enserrés dans une séquence d'ARNt et d'efficacité qu'engagés dans la masse d'un ribosome. La suite de cette étude demanderait d'examiner les séquences et les ribosomes.

Il y a 36 et 36. Voilà donc une 2e fois que le nombre 36 se trouve associé aux anticodons. Précédemment, nous avons signalé qu'ils occupent les positions 34, 35 et 36 dans la séquence de l'ARNt. Figures 54, 55, 56. QbSyst2e.06.html

Strate 3 de 36 anticodons. Voici un essai de théorie. Une strate 3 de 36 anticodons serait une sorte de modèle anti ou antimodèle, ne devant être réalisé qu'avec un grand écart, selon 2 règles :

....................il est obligatoire de la réaliser en moyenne; les écarts vont de -14 pour les mitochondries animales à +12 pour certains Eucaryotes;

....................il est obligatoire de ne pas la réaliser exactement ou avec un faible écart.

La figure 156 peut nous servir d'antimodèle, même si les résultats des Tableaux 43 et 45 ne la confirment pas pour Escherichia coli.

Exemple d'un antimodèle : le centre de gravité d'un tore. Il est à la fois significatif et dépourvu de matière.

Contraste numérique. Répétons-le : le contraste est tout à fait remarquable entre les nombres des codons et des acides aminés normaux, valant constamment 64+0 -0 et 20+0 -0 respectivement, et les nombres des anticodons valant 36+12 -14.

Strate 3p de 48 cases. La pseudo strate 3 de 48 cases ou strate 3p résulte d'une adpatation du système du québécium. Quoiqu'il en soit de son interprétation théorique, elle est un formalisme qui jusqu'ici a permis d'afficher d'une façon originale et pratique les anticodons de tous les codes biomoléculaires rencontrés.

Codes biomoléculaires 4 strates.

Le formalisme de la strate 3p permet encore de constituer des codes biomoléculaires complets en 4 strates. Dans le Chapitre 4, nous avons répertorié 16 codes biomoléculaires de 3 strates, tenant compte des dérogations au code normal. QbSyst2e.8.html

Les nouveaux codes en 4 strates augmenteront ce répertoire, parce qu'en général un code 3 strate donné est associé à plusieurs sortes de strates 3p, comme le montre le Tableau 43.

Les figures 173 et 174 donnent des aperçus de tels codes biomoléculaires 4 strates.

Fig. 173 Code biomoléculaire de 4 strates et 132 cases.

Fig. 174. Aperçu d'un code biomoléculaire 4 strates. De la strate 3p on montre le bloc central et des nombres représentatifs d'anticodons.

Mais avant de confectionner de tels codes, il nous faut passer aux codenzymes.

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